ES細胞やiPS細胞が１個の細胞から全ての組織・臓器をかたち作ることができる のに対して、間葉系幹細胞にはそれほどまで強い増殖能や分化能はありません。しかし、ES細胞は初期の受精卵の一部（内部細胞塊という場所）からしか得られ ないため、これを得るには受精卵を犠牲にする必要があります。

多くは体外受精の際に生じた余剰な受精卵を使用しますが、倫理的な問題を避けて通ることができません。また、iPS細胞は受精卵ではなく成体の細胞から作る事ができますが、遺伝子導入 という遺伝子に対する操作が必要であり、そのために移植後に腫瘍を形成してしまう危険性があるので、使用に際して安全面についての特別な配慮が必要です。

一方、骨髄や脂肪から採取できる間葉系幹細胞はそれらの問題が少ない利用しやすい幹細胞として、近年、研究および臨床応用が盛んに行われています。

幹細胞を必要な場所にそのまま移植する方法と、試験管の中で分化させて目的の臓器を形作ってから移植する方法があります。 前者の例として、下肢の血流が悪化する閉塞性動脈硬化症に対して、幹細胞をふくらはぎの筋肉内に注射して血管新生を促す再生医療があり、後者の例として、重度の熱傷に対して表皮に分化する幹細胞をシート状に培養して貼り付ける再生医療があります。

日本では2014年に再生医療に関する法制度（＊注２）も整備され、より盛んに再生医療が実施されるようになりました。 現在では、閉塞性動脈硬化症や熱傷の治療以外に、脳梗塞、脊髄損傷、心筋梗塞、肝硬変、変形性関節症など、あらゆる疾患に対して、幹細胞を用いた再生医療が人を対象にした治療法として実施されています。